В русском языке каждое слово можно разбить на начальную часть и окончание. Окончание может быть суффиксальным или флексиональным. Суффиксальный суффикс приписывается к корню слова и изменяет его значение, а флексиональный отвечает за грамматические категории.
Рассмотрим слово “зернышки”. Корнем этого существительного является основа “зерн-“, обозначающая маленькое зерно. Суффикс “-ышк-” приписывается к корню слова и служит уменьшительно-ласкательной формой, придающей слову значение маленького зернышка. Таким образом, суффикс “-ышк-” является суффиксальным, изменяющим значение корня слова.
Такой выбор суффикса для слова “зернышки” вполне логичен. Ведь это слово описывает маленькое зерно, что прекрасно соответствует значениям и смыслу основы “зерн-“.